Tips, tutoriels pour R et RStudio – Blog d’R

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Comment annoter des scripts dans un document quarto

On va voir comment annoter des scripts dans un document quarto à l’aide de petits pastilles numérotés

knit_exit()

Il est parfois utile d’exécuter qu’une partie d’un rapport quarto à partir du début

Package ggvenn

Nouveau venu dans la communauté des packages dédiés à la représentation des diagrammes de venn

Comment produire un graphique du type barplot en rajoutant des points sur chaque barre

Il est parfois intéressant de produire un diagramme en baton correspondant aux moyennes de chaque niveau d’une variable et de rajouter pour chaque barre les valeurs de…

Gestion des onglets dans quarto

Dans les rapports quarto, l’utilisation des onglets est un bon moyen d’améliorer la visibilité des rapports.
On peut par exemple, regrouper une série de graphiques dans des…

Comment créer une légende manuellement pour un ggplot

Pour contrôler tous les éléments d’une légende, le titre, les couleurs et les labels, il y a la fonction scale_color_manual().

Corriger une liste de chaines de caractères à l’aide d’un dictionnaire

C’est un problème assez classique rencontré par exemple quand on veut standardiser une liste de noms.
Ainsi, en métabolomique, suivant les bases de données utilisées et les…

Diagramme de Venn

Un diagramme de Venn (également appelé diagramme logique) est un diagramme qui montre toutes les relations logiques possibles dans une collection finie de différents…

Package ggstackplot

Ou comment empiler des courbes

Le package ggstackplot permet de créer des graphiques composés d’empilement de courbes. C’est par exemple le cas de l’évolution de courbes de températures au cours du temps.
…

Package ggbreak

Ou comment afficher des axes discontinus

Le package ggbreak permet de créer des axes brisés sur un graphique ggplot.
C’est particulièrement utile sur un barplot quand une des barres a une valeur importante, les…

Contrôler l’ouverture d’un projet dans RStudio

Ou comment contrôler la version de R au lancement d’un projet dans RStudio

On utilise le logiciel rig: https://github.com/r-lib/rig
C’est un logiciel qui s’installe à côté de R et RStudio.

Package downloadthis

Ou comment créer un bouton de téléchargement

Le package Downloadthis permet de créer un bouton de téléchargement dans une page HTML produite par un rmarkdown ou un quarto.
Ce bouton permet d’exporter toute sorte…

RCy3

Ou comment personnaliser un réseau dans R via Cytoscape

Cytoscape est un logiciel gratuit qui fait référence dans la visualisation et la manipulation des réseaux. Il bénéficie d’une grande communauté et tout comme pour R, de…

Comment choisir une version de R spécifique au démarrage de RStudio en 1 clic

RStudio nous donne la possibilité d’utiliser n’importe quelle version de R installée.

Data first, nom d’un pipe

Ou comment utiliser les pipes sans se faire piéger

Pour rappel un pipe permet de chaîner plusieurs processus de sorte que la sortie d’un processus alimente directement l’entrée du processus suivant Définition wikipedia

Package pak

Le package pak https://pak.r-lib.org/index.html permet l’installation de packages R depuis différents dépôts distants ou locaux de manière rapide, sécurisée et facile.

Comment couper un jeu de données en 2

Il s’agit d’une étape essentielle pour de nombreux modèles d’apprentissage automatique.

Comment combiner des chaines de chaines de caractères de plusieurs lignes en une seule par groupe

Prenons un tableau comprenant la répartition des villes américaines dans les états, régions et divisions

Rajouter des intervalles de confiance avec ggplot

On se propose de produire un graphique qui représente les moyennes et intervalles de confiance des mesures de richesse bactérienne d’échantillons issus de différents sites…

Croissance bacterienne: automatisation du calcul des métriques et des graphiques des courbes de croissance

Produire un graphique représentant les courbes de croissance mesurées par densité optique (DO) et prédites concernant différentes bactéries cultivées dans différents milieux.
…

Comment exporter plusieurs graphiques avec la fonction map()

A partir du jeu de données iris, on veut produire des scatterplot entre les variables Sepal.Length et Sepal.Width pour chaque espèce d’iris.

Bibliométrie

Obtenir un tableau résumant le nombre d’articles publiés par chaque équipe de GenPhySE (INRAe) par année

Convertir une liste en data frame en rajoutant les names de la liste en tant que colonne du data frame

Comme annoncé dans le titre, on veut convertir une liste en data frame en rajoutant les names de la liste en tant que colonne du data frame.

Tutoriel package purrr

Le package purrr contient toute une panoplie d’outils pour travailler avec les fonctions et les vecteurs.
Ce tuto présente quelques unes de ces fonctions.

Comment ajouter des caractères spéciaux et des emojis à un document quarto ?

Comment ajouter des caractères spéciaux et égayer un document quarto avec des emojis ?

Produire un tableau de résultats de modèles linéaires avec les packages purrr et flextable

On dispose d’un jeu de données (fictif) dans lequel 7 échantillons ont été suivis dans 3 lots, et sur lesquels on a testé 2 molécules différentes. Pour caractériser la…

Code styling

Good coding style is like correct punctuation: you can manage without it, butitsuremakesthingseasiertoread

Validation visuelle des hypothèses d’un modèle

Le package performance propose de nombreuses fonctions pour évaluer la qualité d’un modèle.

On trouve notamment la fonction check_model qui permet une vérification visuelle…

Visualisation des données avec le package gtExtras

Il est souvent utile de commencer par afficher un aperçu d’un jeu de données avant de se lancer dans des analyses statistiques.

Guidelines pour modèles mixtes

Ce tutoriel se propose de fournir quelques repères pour mener à bien une analyse statistique à l’aide d’un modèle mixte.

Comment fonctionne pivot_longer

Illustration du fonctionnement de la fonction pivot_longer() du package tidyr

Changer manuellement les labels des facets

Avec la fonction facet_set() du package ggfun

Ouvrir un lien dans une nouvelle page (quarto)

Dans un document Quarto, comment faire en sorte qu’un lien s’ouvre dans une nouvelle page